如何查询分子的物种保守性？

后台有朋友留言问如何查询lncRNA物种保守性，今天我们就来说说这个问题。

我们知道分子的物种保守性一定程度上决定了分子的重要性，一般来说，分子在物种间越保守，其对生命基本功能的重要性越高。而我们在设计课题的时候常常忽略这点，比如在一项从疾病模型出发的研究中，假如我们从小鼠组织进行了转录组测序，找到了在小鼠疾病模型中显著异常表达的分子，后续要在人的样本中进行验证，这里就要注意这个分子是否也在人里面存在，特别是一些新的分子，这一点我们在说lncRNA入门研究要做的“八部天龙”里面（（工具篇）：神器之——lncRNA编码能力预测）也把物种的保守性就作为一项考虑的因素。另外，如果我们要做基因敲除（Knock Out）或者基因敲减（Knock Down），也需要分子在物种里面表达，因此从临床样本出发检测到的分子就要查一下是否在要KO或者KD的物种里面是否保守了。

下面我们开始说明如何查询分子在不同物种中的保守性，我们以一条在人类中检测到的lncRNA NEAT1 为例说明。

首先要用的网站我们以前写过：这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower，即UCSC基因组浏览器，我们先用谷歌chrome浏览器打开网站，网址是：http://genome.ucsc.edu/，打开后我们看到主界面：

在Genome一栏，我们选择人类的基因组版本hg38

在弹出界面的搜索框中我们输入NEAT1：

然后单击go，页面转到下面的结果：

在这里我们看到“Known Genes(已知基因)”中前三条为mRNA，第四到第八条为非编码RNA，也就是说NEAT1这个基因至少有8条不同的转录本，我们选择第一条非编码RNA单击：

这里我们已经看到NEAT1的不同转录本了。下面我们开始查看，从上面的界面往下拉，我们看到在“Comparative Genomics”这个设置框，如下红框所示：

这里我们可以设置哪些物种，第一个Conservation中我们可以点击：

可以在这里选择我们要查询的物种，从下图我们可以看到100个物种的信息，这里我们举例选择Chimp和gorilla，

然后上图中Maximum display mode（展示模式）中选择full（全显示，从hide隐藏到full全显示展示的信息从少到多），然后submit提交就可以了。

我们看到chimp和gorilla在红框中显示了。

当然，如果我们想直接查看NEAT1在哺乳动物中的保守性，我们可以直接在下面椭圆中的Cons 20 Mammals的下拉框中选择Full，

然后单击右侧红框中的refresh就好了：

当然，我们也可以看其它的转录本，比如我们对最上面的NEAT1单击右键：

在右键选项中选择Zoom to Neat1，在窗口中全部显示Neat1：

如果在右键选择Highlight Neat1，就可以看到Neat1所在的DNA序列被高亮显示：

这个图我们可以放到文章里面，比如这篇文章：Chen L, Feng P, Zhu X, et al. Long non‐coding RNA Malat1 promotes neurite outgrowth through activation of ERK/MAPK signalling pathway in N2a cells[J]. Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2016, 20(11): 2102-2110.的Fig2里面就有这样的图：

再比如文章Eißmann M, Gutschner T, Hämmerle M, et al. Loss of the abundant nuclear non-coding RNA MALAT1 is compatible with life and development[J]. RNA biology, 2012, 9(8): 1076-1087.里面的Fig1：

好了，大家自己来操作吧。

That's all. Thank you!

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